菌落計數是微生物實驗中普遍的實驗之一，是統計物品含菌數的有效方法，廣泛用于食品、飲料、藥品、生物制品、化妝品、衛生用品、飲用水、生活污水、工業廢水、臨床標本中細菌數的檢驗。

　　1.到達規定培養時間，應立即開始計數。如果不能立即計數，應將平板放置于0-4℃，但不得超過24小時。

　　2.計數時應選取菌落數在30-300CFU之間的平板，若有二個稀釋度均在30-300CFU之間時，根據國家標準方法要求應以二者比值決定，比值小于或等于2取平均數，比值大于2則其較小數字(有的規定不考慮其比值大小，均以平均數報告)。

　　3.若所有稀釋度均不在計數區間。如均大于300CFU，則取高稀釋度的平均菌落數乘以稀釋倍數報告之。如均小于30CFU，則以至低稀釋度的平均菌落數乘稀釋倍數報告之。如菌落數有的大于300CFU，有的又小于30CFU，但均不在30-300CFU之間，則應以接近300CFU或30CFU的平均菌落數乘以稀釋倍數報告之。如所有稀釋度均無菌落生長，則應按小于1乘以至低稀釋倍數報告之。有的規定對上述幾種情況計算出的菌落數按估算值報告。

　　4.菌落計數儀計算出的不同稀釋度的菌落數應與稀釋倍數成反比，即稀釋倍數愈高菌落數愈少，稀釋倍數愈低菌落數愈多。如出現逆反現象，則應視為檢驗中的差錯(有的食品有時可能出現逆反現象，如酸性飲料等)，不應作為檢樣計數報告的依據。

　　5.當計數平板內的菌落數過多(即所有稀釋度均大于300CFU時)，但分布很均勻，可取平板的一半或1/4計數。再乘以相應稀釋倍數作為該平板的菌落數。

　　6.當平板上有鏈狀菌落生長時，如呈鏈狀生長的菌落之間無任何明顯界限，則應作為一個菌落計，如存在有幾條不同來源的鏈，則每條鏈均應按一個菌落計算，不要把鏈上生長的每一個菌落分開計數。如有片狀菌落生長，該平板一般不宜采用，如片狀菌落不到平板一半，而另一半又分布均勻，則可以半個平板的菌落數乘以2代表全平板的菌落數。

　　7.菌落數的報告，按國家標準方法規定菌落數在1-100時，按實有數字報告，如大于100時，則報告前面兩位有效數字，第三位數按四舍五入計算。固體檢樣以克(g)為單位報告，液體檢樣以毫升(ml)為單位報告，表面涂擦則以平方厘米(cm2)報告。